ΣΥΛΛΟΓΕΣ
Οι κυριότερες συλλογές του Μουσείου περιλαμβάνουν:
Συλλογή Βιβλίων
Περιλαμβάνει τις πρώτες ελληνικές επιστημονικές εκδόσεις νομικής, ιατρικής, φυσικής, χημείας, αστρονομίας, ιστορίας, φιλοσοφίας, αρχαιολογίας και γλωσσολογίας, καθώς και άλλα έργα των πρώτων καθηγητών του Πανεπιστημίου Αθηνών, επιστημονικές επετηρίδες και παλαιές και σπάνιες εκδόσεις, έργα του νεοελληνικού διαφωτισμού.
Συλλογή Εντύπων
Περιλαμβάνει εφημερίδες, περιοδικά, επετηρίδες, φυλλάδια με λόγους πρυτανικούς και επετειακούς, διδακτορικές διατριβές και ανάτυπα.
Συλλογή Χειρογράφων
Περιλαμβάνει χειρόγραφα βιβλία, έγγραφα, επιστολές και σημειώσεις.
Συλλογή Επιστημονικών Οργάνων
Τα όργανα της συλλογής χρησιμοποιούνταν κυρίως στο πλαίσιο διδασκαλίας της αστρονομίας, της ιατρικής, της φυσικής, της χημείας και της φαρμακολογίας αλλά και ως εργαστηριακός εξοπλισμός.
Συλλογή Παλαιών Φωτογραφιών
Τη συλλογή απαρτίζουν κυρίως πορτρέτα καθηγητών και φωτογραφίες από τη ζωή του Πανεπιστημίου (επετειακές εκδηλώσεις, αναμνηστικές καθηγητών-φοιτητών και από διδασκαλία μαθημάτων, κτηριακές, κ.ά.).
Συλλογή Αναμνηστικών
Περιλαμβάνονται μεταξύ άλλων, το πρώτο Μητρώο των Φοιτητών (1837-1867), το πρώτο Πρωτόκολλο, αποδείξεις εγγραφής, φοιτητικές ταυτότητες, σημαίες, κύπελλα καθώς και το Λάβαρο του Πανεπιστημίου (1887).
Συλλογή Ψηφισμάτων
Περιλαμβάνονται κυρίως χειρόγραφες επιστολές που στάλθηκαν στο Πανεπιστήμιο με αφορμή τις διάφορες επετείους από την ίδρυσή του (75, 100 και 150 χρόνια), από Πανεπιστήμια του εξωτερικού, αρχαιολογικές σχολές, ελληνικά σχολεία, αλλά και σχολεία της Κωνσταντινούπολης, της Σμύρνης, της Αδριανούπολης, κ.ά.
Συλλογή Προσωπογραφιών
Η συλλογή αποτελεί μέρος της σημαντικής συλλογής προσωπογραφιών του Πανεπιστημίου Αθηνών. Πρόκειται για πορτρέτα Ελλήνων καθηγητών και ευεργετών του Πανεπιστημίου, έργα Ελλήνων ζωγράφων κυρίως του 19ου αιώνα. Περιλαμβάνει επίσης μια μικρή συλλογή προσωπογραφιών των «Διδασκάλων του Γένους».
Συλλογή Μεταλλίων
Περιλαμβάνει μετάλλια του Πανεπιστημίου, της Ακαδημίας Αθηνών, καθώς και στρατιωτικά.
Συλλογή Σφραγίδων
Η συλλογή χρονολογείται από την ίδρυση του Πανεπιστημίου (1837), όταν ακόμα ονομαζόταν Οθώνειο και σύμβολό του ήταν ο θυρεός του βασιλιά Όθωνα. Περιλαμβάνει σφραγίδες του Πανεπιστημίου με τις διάφορες ονομασίες που κατά καιρούς απέκτησε, σφραγίδες των Σχολών και των παραρτημάτων του.
ΔΡΑΣΤΗΡΙΟΤΗΤΕΣ
ΞΕΝΑΓΗΣΕΙΣ
Στο Μουσείο οργανώνονται καθημερινά ξεναγήσεις μαθητών δημοτικών, γυμνασίων και λυκείων, φοιτητών και ομάδων ενηλίκων στην ελληνική, αγγλική και γαλλική γλώσσα, μετά από συνεννόηση.
ΕΚΠΑΙΔΕΥΤΙΚΑ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ
Πραγματοποιούνται επίσης ειδικά διαδραστικά εκπαιδευτικά προγράμματα για τους μαθητές των τελευταίων τάξεων του Δημοτικού.
ΠΟΛΙΤΙΣΤΙΚΕΣ ΕΚΔΗΛΩΣΕΙΣ
Το Μουσείο οργανώνει κατά καιρούς περιοδικές εκθέσεις με εκθέματα των συλλογών του ή σε συνεργασία με άλλους φορείς. Κατά τους θερινούς μήνες (από Μάιο έως Οκτώβριο), η αυλή του Μουσείου μετατρέπεται σε ένα σταυροδρόμι τέχνης και πολιτισμού. Στο μαγευτικό περιβάλλον ενός αθηναϊκού σπιτιού του 19ου αιώνα κάτω από τον βράχο της Ακρόπολης, νέοι άνθρωποι συναντιούνται και δημιουργούν. Έτσι διαμορφώθηκε τα τελευταία χρόνια μια παράδοση πολιτιστικών εκδηλώσεων που περιλαμβάνουν θεατρικές παραστάσεις, ποιητικές βραδιές, συναυλίες, εκθέσεις, κινηματογραφικές προβολές. Επίσης, καθ’ όλη τη διάρκεια του χρόνου φιλοξενούνται στην αίθουσα πολλαπλών χρήσεων του Μουσείου διεθνή συνέδρια, συμπόσια, επιστημονικές συναντήσεις, σεμινάρια και διαλέξεις.
ΠΩΛΗΤΗΡΙΟ
Η ποικιλία των αντικειμένων των συλλογών του Μουσείου έχει αποτελέσει πηγή έμπνευσης για τα είδη γραφείου, δώρα και αναμνηστικά που διατίθενται στο πωλητήριο του Μουσείου.
Το Mουσείο είναι μέλος του Δικτύου Μουσείων και Πολιτιστικών Φορέων Ιστορικού Κέντρου Αθηνών